Bio-Rad Gel Doc™ EZ System - Manual (Page 11)

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Chapter 5. Designing Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Running the Default Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Creating and Running Custom Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Protocol Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Protocol Processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Protocol Steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Acquire Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Step 1. Activate Gel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Activation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Step 2. Image Gel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Exposure Time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Highlight saturated pixels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Image Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Analyze Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Step 3. Detect Lanes And Bands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Low Band Detection Sensitivity. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
High Band Detection Sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Custom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Step 4. Analyze Molecular Weight . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Molecular Weight Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Edit Button . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Standard Lanes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Regression Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Configure and Print Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Step 5. Print Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Custom Report Title . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Include Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Image Info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Include Analysis Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Opening and Editing Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Chapter 6. Viewing Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Results File Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Displaying Gel Images. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Display Gel Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Annotations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Lanes and Bands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Band Attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Zoom Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Fit in Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Image Transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46