Bio-Rad Bio-Plex Software® Upgrades and Conversions - Manual (Page 10)

Bio-Plex Manager Software 6.1 User Guide | Table of Contents
viii
Deleting a Graph. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Exporting Graphs to Other Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Adjusting Your Graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Printing Graphs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Document Export Options. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Bio-Plex XML Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
Output CSV File Format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Using Stylesheets. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Command Line Export . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Exporting the Document . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Importing Luminex xPONENT Output Files. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
Exporting Results Data to Bio-Plex Data Pro™ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
Chapter 10. Standard Curve Optimizer . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Standard Curve Recovery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Concentration in Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Determining Outliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Recommended Use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Standard Curve Optimizer Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Residual Variance and Fit Probability. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Logistic Weighting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Chapter 11. Data Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
Normalization Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
Selecting Internal Controls/Housekeeping Genes . . . . . . . . . . . . . . . 208
Assigning a Control Sample . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Report Table Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
Predefined Normalization Report Schemes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Normalization Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
Calculations Based Upon Your Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
Normalization Factor Calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
Troubleshooting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Appendix. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
Security Edition: User Access by Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
Normalization Formulas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
Norm Ratio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
BioPlex_6.book Page viii Friday, September 23, 2011 11:55 AM